Centrum Studiów Litewskich powstało w 2010 r. na Wydziale Studiów Międzynarodowych i Politycznych UJ, przy wparciu ze strony Uniwersytetu Witolda Wielkiego w Kownie.
Jednym z pierwszych zadań zrealizowanych przez Centrum było przygotowanie litewskiego numeru "Politei" (nr 16, 2011, red. dr Katarzyna Korzeniewska), zawierającego teksty litewskich badaczy-przedstawicieli nauk społecznych, poświęcone kulturze, społeczeństwu i problemom politycznym na Litwie. Zbiór ukazał się dzięki wsparciu Ambasady Republiki Litewskiej w Warszawie i tam też odbyła się jego prezentacja. Jednocześnie tom prezentowano na Uniwersytecie w Kownie, który też wziął udział merytoryczny, organizacyjny i finansowy w przygotowaniu zbioru.
Na Wydziale, we współpracy z innymi instytutami, prowadzone były przez dr Katarzynę Korzeniewską zajęcia o tematyce lituanistycznej – "Litwa po 1953 roku. Historia zsowietyzowanego społeczeństwa" oraz "Ludowy, narodowy, nacjonalistyczny: sprzeciw antysowiecki na powojennej Litwie". Wykłady były poświęcone omówieniu wybranych sfer życia społecznego na Litwie sowieckiej (rodzina, religia, edukacja, gospodarka) oraz historii politycznej Litwy lat 1944-1990 z punktu widzenia podmiotów społecznych, które w różnych okresach przeciwstawiały się sowietyzmowi. Na zajęcia uczęszczali głównie studenci studiujący w Instytucie Rosji i Europy Wschodniej. W celu usprawnienia prowadzenia tych zajęć w Centrum przygotowano też polskojęzyczny podręcznik do najnowszych dziejów Litwy.
Centrum wspierało organizacyjnie spotkania polskiej i litewskiej młodzieży akademickiej, odbywające się w ramach Akademii Polsko-Litewskiej, organizowanej przez "Klub Jagielloński" i Korporację Studencką "RePublika" z Wilna. Przy współpracy Centrum odbyły się trzy edycje Akademii (2010, 2011, 2012).
W październiku 2013 r. odbyły się w Krakowie "Dni litewskie", współorganizowane przez Uniwersytet Witolda Wielkiego w Kownie. Na spotkania przyjechali pracownicy i studenci litewskich uczelni oraz zespoły folklorystyczne. W przygotowanie ich w Krakowie włączył się także Uniwersytet Rolniczy oraz Muzeum Etnograficzne w Krakowie.
W ramach współpracy Centrum z Uniwersytetem Witolda Wielkiego, w latach 2011-2014 staże naukowe w Krakowie odbyli pracownicy naukowi z Kowna, zaś do Kowna wyjeżdżali naukowcy z UJ.
Na początku 2013 r. Centrum pozyskało grant na realizację projektu "Polskie i litewskie doświadczenie sprzeciwu wobec systemu komunistycznego: podobne czy wspólne dziedzictwo?". Środki zostały przyznane przez Ministerstwo Spraw Zagranicznych RP w ramach konkursu „Współpraca w dziedzinie dyplomacji publicznej 2013". Kierownikiem projektu była Małgorzata Stefanowicz. Za cel postanowiono poszukiwanie odpowiedzi na pytanie, czy wspólne doświadczenia, podobieństwa, zbieżności i skala postaw antysowieckich/antykomunistycznych na Litwie i w Polsce mogą być postrzegane jako konsekwencje lub/i element wspólnego dziedzictwa oraz doprecyzowanie, czy wizja historii i treść zbiorowej pamięci po okresie sowieckim/komunistycznym na Litwie i w Polsce oraz jej wypromowanie jako elementu pamięci Europy poza granicami tych krajów jest wspólnym interesem obu krajów, w jakich wymiarach nim jest i jak dążyć do jego osiągnięcia (w duchu Deklaracji Wileńskiej OBWE 2009, potępiającej nazizm i stalinizm jako równie zbrodnicze systemy).
W ramach projektu odbyła się wymiana muzealników z Polski i Litwy działających w obszarze kultury pamięci (uczestniczące instytucje z litewskiej strony to Centrum Badań Genocydu i Rezystencji Ludności Litwy i Muzeum Ofiar Genocydu, z polskiej m.in. IPN, Europejskie Centrum Solidarności, Muzeum Historii Polski, Muzeum Historyczne Miasta Krakowa, Europejska Sieć Pamięć i Solidarność, Ośrodek Pamięć i Przyszłość, Muzeum Powstania Warszawskiego). Na jesieni odbyła się dwudniowa konferencja w Wilnie i w Kownie pt. "Podobieństwa bez współdziałania – różnice bez porównania? Polskie i litewskie doświadczenie sprzeciwu wobec systemu komunistycznego". W konferencji wzięło udział kilkudziesięciu analityków stosunków międzynarodowych zajmujących się obszarem Litwy, Polski i krajów bałtyckich, historyków, politologów i dziennikarzy z obydwu krajów.
Owocem projektu było również wydanie anglojęzycznej publikacji pt. "Lithuanians and Poles against Communism after 1956. Parallel Ways to Freedom?" (pod red. Katarzyny Korzeniewskiej, Małgorzaty Stefanowicz, Moniki Kareniauskaitė oraz Adama Mielczarka). W pracy analizie zostały poddane "drogi" wiodące do wyzwolenia się spod jarzma komunizmu w obydwu krajach oraz konsekwencje społeczno-psychologiczne tego procesu. Recenzja książki została zamieszczona na łamach 34 teki kwartalnika "Pressje".